Bilboko Eleiz Museoa 1961ko irailean sortu zen. Bilboko Elizbarrutiko historia eta arte ondarea ikertzea, zaintzea eta zabaltzea zen bere helburu nagusia.

Elizbarrutiko Seminarioko solairuetako batean kokatu zen orduan, Derion (Bizkaia) hain zuzen ere. Baina Museoaren baliabideak mugatuak zirenez, ezin izan zen jendearentzat zabaldu eta urte askotan ikertzaileek bisitatu zuten bakarrik.

Zorionez, 1991n konpondu zen arazo hori. Urte horretan sinatu zen Bilboko Udalaren, Bizkaiko Foru Aldundiaren eta Bilboko Gotzaindegiaren arteko hitzarmena, Museoa Bilbora eramateko eta egoitza egokian kokatzeko. Horretarako, lehenengoak Gizakundearen komentua izandakoa eman zuen, bigarrenak eraikinaren berriztapena bere gain hartu zuen eta Gotzaindegiak Museoko bilduma eta talde teknikoa jarri zituen.

Eraikina zaharberritzeko eta erakusketa diseinatu eta eratzeko lanek lau urtez luzatu ziren. 1995.eko martxoaren 28an inauguratu zen Eleiz Museoaren lehenengo fasea, urregintza eta eliz jantzien sailena. Urte bereko urriaren 18an zabaldu zen bigarren fasea ere, eskultura eta margoari eskainitakoa. 2003.eko apirilaren 9an, gaur egungo artearen aretoa gehitu zitzaien aipatutako horiei.